Za obavljanje poslova i zadataka iz nadležnosti Ministarstva, obrazuju se osnovne i unutrašnje organizacione jedinice i samostalni izvršioci.

Osnovne organizacione jedinice su:

a)    Sektor za predškolski i osnovni odgoj i obrazovanje, inkluziju, EU integracije i projekte,
b)    Sektor za  srednje obrazovanje, obrazovanje odraslih, informatizaciju i digitalizaciju,
c)    Sektor za visoko obrazovanje, nauku, kulturu, sport, informisanje i mlade,
d)    Sektor za saobraćajnu edukaciju, provođenje ispita i autoškole,
e)    Sektor za računovodstveno-finansijske poslove i operativne jedinice trezora,
f)    Sektor za opće i normativno - pravne poslove.

U Sektoru za predškolski i osnovni odgoj i obrazovanje, inkluziju, EU integracije i projekte, postoje slijedeće unutrašnje organizacione jedinice i to:
a)    Odsjek za predškolski odgoj i obrazovanje,
b)    Odsjek za osnovno obrazovanje, inkluziju, EU integracije i projekte.

U Sektoru za srednje obrazovanje, obrazovanje odraslih, informatizaciju i digitalizaciju, postoje slijedeće unutrašnje organizacione jedinice i to:
a)    Odsjek za srednje obrazovanje i obrazovanje odraslih,
b)    Odsjek za informatizaciju i digitalizaciju.

U Sektoru za visoko obrazovanje, nauku, kulturu, sport, informisanje i mlade postoje slijedeće unutrašnje organizacione  jedinice i to:
a)    Odsjek za visoko obrazovanje i nauku,
b)    Odsjek za kulturu, sport, informisanje i mlade.

U Sektoru za saobraćajnu edukaciju, provođenje ispita i autoškole postoje slijedeće unutrašnje organizacione jedinice i to:
a)    Odsjek za saobraćajnu edukaciju,
b)    Odsjek za provođenje ispita i autoškole.

U Sektoru za računovodstveno-finansijske poslove i operativne jedinice trezora postoje slijedeće unutrašnje organizacione jedinice i to:
a)    Odsjek za računovodstveno-finansijske poslove,
b)    Odsjek operativne jedinice trezora.

U Sektoru za opće i normativno- pravne poslove postoje slijedeće unutrašnje organizacione jedinice:
a)   Odsjek za opće poslove,
b)   Odsjek za normativno-pravne poslove.

Samostalni izvršioci su tehnički sekretar – viši referent i viši referent za evidenciju predmeta.